Paveiksle, kurį regime šiandien, vaizduojama Dievo Motina Hodegetria (graikiškai — Kelrodė). Švč. Mergelė nutapyta sėdinti frontaliai, žvilgsnį nukreipusi į žiūrovą. Ant jos kairiojo kelio sėdi purpurine tunika vilkintis Vaikelis Jėzus, kairėje rankoje laikantis knygą, o dešinę tiesiantis link Motinos laikomos tris rožinio slėpinius simbolizuojančios trižiedės rožės. Marija dėvi raudoną po krūtine sujuostą suknelę, puoštą auksu siuvinėta apykakle. Jos viršutinis drabužis — tamsiai mėlynas auksu apvedžiotas maforijus – sunkiomis, dekoratyviomis klostėmis apgobia rankas ir visą figūrą, kuri paveikslo stačiakampyje sudaro beveik lygiašonį trikampį. Maforijaus kaktos srityje nutapytas graikiškas kryžius, o ant Marijos kairiojo peties — žvaigždė. Dievo Motinos ikonose ant Marijos kaktos ir pečių vaizduojamos žvaigždės — Mergelės skaistybės ženklas, — Trakų paveiksle buvo modifikuotos. Auksuotas paveikslo fonas raižytas stilizuotų rožės žiedų ornamentu.
Dar XVI amžiuje stebuklais ir malonėmis ėmęs garsėti Trakų Dievo Motinos paveikslas atskleidžia ir bažnyčios istoriją, kurią aprašė kanauninkas Mankiewiczius. Iš jo knygelės sužinome, kad XVII amžiaus pradžioje bažnyčia buvo remontuojama, įrengtas naujas Didysis altorius. Į altorių montuojant Dievo Motinos paveikslą, teko jį patrumpinti. Anksčiau jame buvo pavaizduota visa Švč. Mergelės Marijos figūra. Restauratorių tyrimai parodė, kad ankstesnis Marijos atvaizdas buvo gotikos stiliaus, Švč. Mergelė vaizduota stovinti, vienplaukė, galbūt su rožių vainiku ant galvos. Paveikslas pasirodė esąs per didelis naujajam altoriui, todėl nupjauta apatinė jo dalis, iš naujo išraižytas ir perauksuotas fonas, Marijos figūra pertapyta bizantine stilistika – vietoje perregimo šydo nutapytas galvą ir kaktą dengiantis, stambiomis klostėmis figūrą gobiantis maforijus. Vaikelis Jėzus, veikiausiai anksčiau vaizduotas centre, nutapytas sėdintis ant kairiojo Motinos kelio, nors ikonografinio tipo Hodegetria atvaizduose jis vaizduojamas Motinos dešinėje. Smulkios raižybos XV—XVI a. sandūra datuojamas auksinis fonas nugramdytas ir naujai perraižytas.
Akivaizdu, kad legenda apie bizantinę šio paveikslo kilmę atsirado po paveikslo pertapymų. Bizantine negalėjo būti vadinama aliejumi ant drobe trauktų liepos lentų veikiausiai XVI amžiaus pradžioje nutapyta gotikinė Madona. Taip pat nėra jokių žinių apie Vytauto iš Bizantijos gautą ikoną. Vis dėlto tikėtina, kad paveikslo kilmės legendoje aidi nūdien nežinomo įvykio aidas. Ieškodamas sąjungininkų prieš osmanų kariuomenę ir stengdamasis atlaikyti turkų puolimus, Emanuelis II Paleologas (1391—1425) intensyviai siekė pritraukti Vakarų pagalbą Konstantinopolio gynybai. Derybas su Vakarų krikščionimis imperatorius lengvindavo gausiomis dovanomis, galimiems sąjungininkams dažniausiai dovanodavo šventąsias relikvijas. Tarp Emanuelio II adresatų buvo ir Vytautas bei Jogaila. Neatmestina galimybė, kad Vytautui iš Bizantijos buvo atsiųsta ikona. Jeigu ši prielaida teisinga, dovanotoji ikona sunyko arba dingo, tačiau dovanojimo legenda išliko ir ilgainiui buvo pritaikyta garsiam Trakų Madonos paveikslui, o jis buvo pertapytas bizantinę dailę primenančia maniera. Tokį spėjimą iš dalies patvirtina ir 1630—1631 m. sudarytas Trakų parapinės bažnyčios inventorius, kuriame greta ir šiandien žinomo Trakų Dievo Motinos paveikslo paminėti keli kiti ypač gerbti Švč. Mergelės Marijos atvaizdai. Galbūt kuris nors iš jų netgi siekė Vytauto laikus, o gal buvo legendos tarpinė grandis — vienam atvaizdui sunykus legenda gyvavo ir toliau, susieta su kitu garbingu paveikslu.
