Bažnyčia tebesaugo iškilaus fundatoriaus Vytauto atminimą. Lietuvos didįjį kunigaikštį primena šiaurinėje navoje virš įėjimo į zakristiją kabantis jo portretas. Palyginti su kitais Vytauto atvaizdais, trakiškis išsiskiria netradicine ikonografija: portrete vaizduojamas barzdotas, XVII amžiaus pirmos pusės kostiumu vilkintis bajoras, ant jo plikai skustos galvos likęs tik rudų plaukų kuokštas, dešine ranka jis rodo į kairėje rankoje laikomą kalaviją. Akivaizdu, kad portretas perdirbtas iš ankstesnio bajoro atvaizdo. Ant jo krūtinės kabo medalionas su Švč. Mergelės Marijos ir Kūdikio atvaizdu. Kairėje figūros pusėje nutapytos ant stalelio sudėtos didžiojo kunigaikščio insignijos — mitra ir mantija, — o apačioje matyti įrašas lotynų kalba: „Aleksandras Vytautas, didysis Lietuvos kunigaikštis, kuris šią bažnyčią įsteigė 1409 Viešpaties metais.“ Spėjama, kad toks netradicinis fundatoriaus portretas ir įamžino didžiojo kunigaikščio atminimą, ir, vaizduodamas fundatorių bajoriškos išvaizdos, leido tikintiesiems susitapatinti su legendiniu Lietuvos valdovu ir šios bažnyčios geradariu. Atvaizdą perdirbti galėjo paskatinti ir Lietuvos dailėje retas ant portrete vaizduojamojo krūtinės kabantis medalionas — ypatingo pamaldumo Švč. Mergelei Marijai ženklas.
