Trakais iš pradžių vadinti veikiausiai Senieji Trakai, vietovė, esanti už 4 km į pietryčius nuo dabartinio tarpežeryje įsikūrusio miestelio. Lietuvos didžiojo kunigaikščio nurodymu ten XIII a. buvo pastatyta pilis ir kurta sostinės funkcijas atliekanti valdovo rezidencija. Tačiau šiek tiek vėliau sostinė perkelta Vilniun. Dabartiniai, arba Naujieji, Trakai antruoju — po Vilniaus — Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės politiniu administraciniu centru tapo apie 1375 m., Lietuvos didžiajam kunigaikščiui Kęstučiui (~1297—1382) nusprendus įsikurti XIV a. antrajame ketvirtyje ar viduryje pradėtoje statyti Trakų pusiasalio pilyje. XIV a. pabaigoje—XV a. pradžioje sumūryta Trakų salos pilis. 1409 m. Trakams buvo suteiktos Magdeburgo miesto teisės. Miesto klestėjimo laikotarpiu laikomas XV—XVI a. Vėliau miesto vaidmuo sumenko.
